Grupy eksperymentalne mogą korzystać z układów doświadczalnych zainstalowanych na stałe na traktach jonowych, lub używać swojej własnej wyspecjalizowanej aparatury. Wśród dostępnych układów pomiarowych należy wymienić: układ SYRENA – dużą uniwersalną komorę rozproszeń, IGISOL – separator masowy on-line typu skandynawskiego, CUDAC – układ krzemowych detektorów cząstek typu PIN-dioda, JANOSIK – system wielodetektorowy, w którego skład wchodzi duży kryształ NaI(Tl) z aktywnymi i pasywnymi osłonami oraz 32-częściowy filtr krotności, OSIRIS II – układ 12 detektorów HPGe z osłonami antykomptonowskimi, filtrem krotności cząstek naładowanych obejmującym kąt bryłowy 4π, filtrem krotności kwantów γ złożonym z 50 kryształów BGO oraz polarymetrem HPGe. Ostatnio rozpoczęto instalację wielodetektorowego układu ICARE, przeniesionego do ŚLCJ ze Strasbourga.

Wśród wielu interesujących projektów naukowych prowadzonych w ŚLCJ na szczególną uwagę zasługują badania nad koegzystencją kształtu w jądrach atomowych („mikroskop jądrowy”), zjawiskiem Gigantycznego Rezonansu Dipolowego, pomiary rozkładu barier na fuzję, próby określenia struktury stanów o wysokich spinach, w tym badania tzw. pasm chiralnych, analizy mechanizmów reakcji jąder lekkich i rozpadu jąder „gorących”. Dostępność wiązki dla projektów aplikacyjnych pozwoliła, między innymi, na konstrukcję scyntylacyjnego detektora cząstek naładowanych, używanego z układem EUROBALL.

ŚLCJ przyciąga naukowców z wielu polskich i zagranicznych laboratoriów. Do jednostek badawczych stale współpracujących z ŚLCJ należą liczne placówki naukowe z Warszawy, Świerku, Białegostoku, Krakowa, Lublina, Kielc i Katowic, a także zagraniczne centra badawcze – wśród najsilniej zaangażowanych we współpracę należy wymienić CEA Saclay i GANIL (Francja), GSI (Niemcy), NBI (Dania), JAEA (Japonia), Uni. Liverpool (Wlk. Brytania), IReS (Francja), Kiev (Ukraina), Muenchen (Niemcy). Dostęp do wiązki z akceleratora ŚLCJ dla przedstawionego projektu jest przyznawany przez Dyrektora Laboratorium na podstawie rekomendacji niezależnego Komitetu Eksperymentów. Jedynymi kryteriami oceny są wartość naukowa i techniczna wykonalność proponowanego eksperymentu. Badania prowadzone w ŚLCJ mają charakter interdyscyplinarny i nie ograniczają się tylko do tematyki fizyki jądrowej. Duża część czasu wiązki jest przydzielana na pełniące istotną rolę eksperymenty z dziedziny fizyki ciała stałego, biologii, a także projekty aplikacyjne.

Laboratorium dysponuje infrastrukturą umożliwiającą organizację dużych konferencji. W ostatnich latach ŚLCJ gościło dwie znaczące konferencje międzynarodowe – “Nuclear Physics Close to the Barrier”, 1998 i XXIII European Cyclotron Progress Meeting, a także kilka mniejszych konferencji i warsztatów. Dla wygody zewnętrznych użytkowników w budynku ŚLCJ stworzono 10 pokoi gościnnych.

Oprócz prowadzenia badań z wykorzystaniem wiązek cyklotronu ciężkich jonów, ŚLCJ jest zaangażowane w tworzenie Warszawskiego Ośrodka PET, pierwszej tego typu placówki w rejonie Warszawy. Projekt zyskał wsparcie Międzynarodowej Agencji Atomistyki oraz instytucji krajowych i obecnie jest w trakcie realizacji.

Badania prowadzone z wykorzystaniem wiązek Warszawskiego Cyklotronu zaowocowały znaczną liczbą publikacji w czasopismach naukowych z listy filadelfijskiej, a także stały się podstawą prac doktorskich, magisterskich i licencjackich. Szczegóły są dostępne w Raportach Rocznych ŚLCJ. Tam też można znaleźć informacje dotyczące działalności dydaktycznej i popularyzatorskiej ŚLCJ.